愛德與阿爾這對愛力克兄弟由於曾進行被鍊金術師視為禁忌的「人體鍊成」而失去身體。他們為了探索找回失去身體的方式，一路前往亞美斯多利斯的西方—特普市。他們的目的是追緝從亞美斯多利斯中央監獄逃獄的囚犯梅爾賓‧波賈。愛德兩兄弟在看到梅爾賓使出的神祕鍊成陣後，開始覺得或許能從中找到某些回復身體的線索。這趟旅途從一開始就充滿波折，在一片混亂中，愛德兩兄弟看見了一名混雜於一群偷渡客中的少女，她的名字叫茱莉亞‧克萊頓，正是過去曾被稱為「米洛斯」的這塊土地所創造出的悲情少女。

在茱莉亞的引導下，愛德與阿爾朝著特普市的黑暗深處走去，兩人即將得知一直受到大國的意志左右的米洛斯，以及住在此處的人們的歷史。隨著故事的進行，茱莉亞與梅爾賓之間的關係也將揭曉。在充滿血跡的「嘆息之丘」，愛德與阿爾究竟會看到什麼……？現在，精彩絕倫的故事就要揭開序幕。